B. thuringiensis est une bactérie du sol gram-positive, et produit un corps d'inclusion cristallin lors de la sporulation. Ce corps d'inclusion est composé de protéines appelées "delta-endotoxine", et spécifiquement toxiques pour les insectes. En outre, le B. thuringiensis produit d'autres toxines, à savoir : l'alpha-toxine, la bêta-exotoxine et la gamma-exotoxine. Toutes ces substances toxiques ne sont pas nécessairement présentes dans la bactérie. La plupart des souches de B. thuringiensis produisent des cristaux de delta-endotoxine toxiques pour les insectes lépidoptères tels que les papillons de nuit. Récemment, cependant, plusieurs recherches ont montré que le B. thuringiensis est également largement répandu dans les sols naturels de diverses régions. Le B. thuringiensis représentait moins de 0,5 % de plus de 46 000 isolats bactériens récupérés dans divers sols aux États-Unis. Sur les 50 isolats de Bacillus sp. provenant du sol de South Kalimantan. Indonésie, un seul (2 %) a été identifié comme étant B. thuringiensis d'après l'examen au microscope à contraste de phase pour la présence de corps d'inclusion parasporaux.